Brusio ha la sua bella chiesa parrocchiale cattolica dedicata al cardinale milanese San Carlo Borromeo.
La chiesa è stata costruita negli anni 1610- 1617 in uno stile che ha del gotico e del barocco. Ideatore e costruttore fu il parroco Antonio Crotto di Tirano.
La chiesa precedente era situata un po’ più a nord dell’ attuale che era dedicata al mistero della trinità ed a Santa Agata.
L’edificio, pur non vantando speciali pregi artistici, è pur sempre un bell’ edificio che fa onore al popolo che lo eresse. La chiesa ha subito vari restauri.
L’ ultimo restauro esterno è del 2003, molto ben riuscito. L’interno della chiesa è stato restaurato nel 1933. Gli affreschi, opere di Fumagalli di Lecco, rappresentano Gesù nell’orto degli ulivi e la sacra famiglia e la figura di San Carlo fra gli appestati. Fra i quadri di un certo valore vanno ricordati la rappresentazione dell’assunzione di Maria (in coro) e la figura di Santa Agata che viene visitata da San Pietro (altare a nord).
Il restauro interno del 1933 non è fra i più riusciti e si sta studiando il progetto per un nuovo restauro fatto a regola d’arte.
La chiesa festeggia il suo patrono il 4 novembre (festa di San Carlo).

La riforma viene introdotta a Brusio verso il 1590, ma fra le due confessioni si trovò la buona intesa nel senso che la vecchia chiesa di Santa Agata servì come chiesa paritetica. Nel 1620, in seguito alla persecuzione dei protestanti da parte dei rivoluzionari valtellinesi, la buona intesa cessò. Nel 1635 gli evangelici costruirono la loro chiesa, che nelle grandi linee è la stessa che esiste ancora oggi.
Si tratta di una bella costruzione in stile barocco che cominciò a funzionare nel 1645. Nel 1727 la chiesa venne ingrandita ed oggi si presenta ben restaurata.
Nell’ interno della chiesa fanno bella mostra di sé il pulpito a intarsi e l’organo.
L’organo è monumento nazionale e data dal 1674. Esso proviene dalla famosa ditta Sarassi di Bergamo. Il piccolo tempio si presta egregiamente anche per concerti sacri.
Chiesa, campanile, cimitero e casa parrocchiale formano un bel complesso, che si inserisce egregiamente nel paesaggio.